Za niestosowanie się do tych obowiązków związanych z przejrzystością wynagrodzeń grozić mają konsekwencje o różnym charakterze. W Dyrektywie opisano je na pewnym poziomie ogólności, pozostawiając państwom członkowskim możliwość doprecyzowania zasad ponoszenia przez pracodawców odpowiedzialności w swoim prawie krajowym. Sankcje mają generalnie obejmować:

• Odszkodowanie dla pracownika. Po pierwsze – pracownicy dyskryminowani pod względem płacowym mają mieć prawo do uzyskania odszkodowania, które ma obejmować m.in. odzyskanie zaległego wynagrodzenia i związanych z nim premii lub świadczeń rzeczowych, odszkodowanie za utracone szanse czy zadośćuczynienie za szkody niematerialne. Na pracodawcach, którzy nie przestrzegali przepisów o przejrzystości wynagrodzeń, ma spoczywać w postępowaniach ciężar udowodnienia, że pracownik dochodzący swoich praw przed sądem nie był dyskryminowany.
• Kary finansowe i nakazy. Po drugie – w przypadku naruszeń przepisów o przejrzystości wynagrodzeń, pracodawcy mają podlegać „skutecznym, proporcjonalnym i odstraszającym” karom. Wysokość takich kar może zależeć od rocznego obrotu brutto pracodawcy lub całkowitych kosztów wynagrodzeń. W dyrektywie podkreślono, że szczególnie surowo mają być karani pracodawcy, którzy notorycznie naruszają prawo. Wobec zatrudniających nieprzestrzegających przepisów właściwe organy państwowe mają mieć także prawo wydania wiążących nakazów zaprzestania naruszeń oraz podjęcia określonych działań, do których niezastosowanie się również ma skutkować karami pieniężnymi.
• Sankcje w sferze prawa zamówień publicznych i koncesji. Po trzecie – Dyrektywa umożliwia także państwom członkowskim wyciąganie konsekwencji na gruncie prawa zamówień publicznych i koncesji. Przykładowo, może to polegać na wykluczeniu z postępowania o udzielenie zamówienia publicznego podmiotów gospodarczych nieprzestrzegających przepisów o przejrzystości wynagrodzeń lub u których nieuzasadniona obiektywnymi przyczynami luka płacowa przekracza 5%.